Namık Kemal Üniversitesi 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 5467 sayılı kanunla kurulmuştur. Bu kanunla, Trakya Üniversitesine bağlı olan; Ziraat Fakültesi, Çorlu Mühendislik Fakültesi ve Sağlık Yüksekokulu ile Tekirdağ Meslek Yüksekokulu, Çorlu Meslek Yüksekokulu, Çerkezköy Meslek Yüksekokulu, Hayrabolu Meslek Yüksekokulu, Malkara Meslek Yüksekokulu, Marmara Ereğlisi Meslek Yüksekokulu, Muratlı Meslek Yüksekokulu, Saray Meslek Yüksekokulu, Şarköy Meslek Yüksekokulu Namık Kemal Üniversitesine devredilmiştir.

Aynı yasa ile Tıp Fakültesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü kurularak, Üniversitemizin oluşumuna katılmıştır. 

Tekirdağ Meslek Yüksekokulu 23/05/2008 tarihinde Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu ve Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu olarak ikiye ayrılmıştır. Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulunun 15/04/2009 tarihinde kurulmasıyla da meslek yüksekokulu sayısı 11 e çıkmıştır. 

Bakanlar Kurulu'nun 02/02/2009 tarihinde yayınlanan Kararı ile; Rektörlüğe bağlı olarak İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile Yabancı Diller Yüksekokulu kurulması kararlaştırılmıştır. Yine 07/06/2010 tarihinde yayınlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile Güzel Sanatlar, Tasarım ve Mimarlık Fakültesi kurulması kararlaştırılmıştır. 

Üniversitemiz bünyesinde Rektörlüğe bağlı olarak üniversitenin eğitim verdiği, araştırma yaptığı tüm alanlarda, eğitim ve sosyal etkinlik programları düzenleyerek kamu ve özel sektör ile uluslararası kuruluşlarla işbirliğinin gelişmesine katkıda bulunmak için faaliyet göstermesi planlanan Sürekli Eğitim Merkezi;  öğrencilerin ve öğretim elemanlarının, iletişim ve bilgisayar teknolojilerini kullanarak, uzaktan eğitim programlarını takip etmeleri için Uzaktan Eğitim Merkezi, Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi ile Bilimsel ve Teknolojik Araştırmalar  Uygulama ve Araştırma Merkezi kurulmuştur.

Namık Kemal Üniversitesi, 2006 yılında başlayan yapılanma sürecinin ilk çalışmalarını Trakya Üniversitesi Rektörlüğü bünyesinde, daha sonra Tekirdağ’daki Namık Kemal Üniversitesi Uygulama Oteli’nde gerçekleştirmiştir. Rektörlük birimleri 2007 yılının Kasım ayında Tekirdağ merkezinde bulunan eski belediye binasında hizmet vermeye başlamış ve 2008 yılının Ocak ayından 2009 yılının Aralık ayına kadar Değirmenaltı Yerleşkesindeki Ziraat Fakültesi Dekanlık Binasında hizmete devam etmiş, Ocak 2010 itibarıyla Merkezi Derslik binasında hizmet verdikten sonra 2012 yılından itibaren yeni yapılan modern rektörlük binasında hizmet vermeye başlamıştır.

Namık Kemal Üniversitesi, bugün lisansüstü düzeyde eğitim veren 3 enstitü, lisans düzeyinde eğitim veren 8 fakülte ve 3 yüksekokul, ön lisans düzeyinde eğitim veren 11 meslek yüksekokulu, 3 araştırma ve uygulama merkezi, rektörlüğe bağlı 6 birimi, yaklaşık 27.000 öğrencisi ve 2.000 civarındaki çalışanı ile yeni kurulan üniversiteler arasında önemli bir kurum haline gelmiştir. Üniversitemiz, nitelikli eğitimi, araştırma projeleri ve bilimsel yayınları ile ülkemize önemli katkılar sağlamaya aday bir üniversite konumunda yarınlara emin adımlarla yürümektedir.